(1)种子学说(造血干细胞缺乏或有缺陷)

研究发现，再障患者的骨髓增生低下，全血细胞减少，红细胞、粒细胞、血小板均少。因为这三系血细胞均由同一造血干细胞分化而来，所以可以推测再障是由造血干细胞缺乏或异常引起的。实验证明，再障患者骨髓和血中粒、单定向干细胞、红系定向干细胞减少。现在对人的多能干细胞还不能直接测定，但用药物马利兰注射小鼠致使再障，观察小鼠骨髓发现，其多能干细胞减少，由此可以作为佐证。而导致造血干细胞数量减少的原因是再障患者的周围血和骨髓中存在着抑制细胞。抑制细胞主要是淋巴细胞和巨噬细胞。近年来，重点研究了抑制T细胞致使干细胞分化障碍，从而引起骨髓增生低下造成再生障碍性贫血。学说将造血干细胞形象地比喻成“种子”，称这一理论为“种子学说”。

(2)土壤学说(骨髓微环境改变)

造血干细胞的生长、发育、分化，要有良好的骨髓中的造血环境。它的构成有神经、血管和基质，它的功能是向造血组织输送营养物质，排出代谢产物，以利于造血干细胞的更新。有些再障的致病因子，并不直接损伤造血干细胞，而是先影响造血环境，使其中的微血管痉挛或使微血管壁上的内皮细胞发生损害，进而导致血-流灌注障碍，最后引起多能干细胞坏死。此外，骨髓微环境中基质成分的缺陷，也有一定的影响。学者将骨髓中的造血微环境形象地比喻成“土壤”，称这一理论为“土壤学说”。

(3)虫子学说(免疫缺陷)

再障的免疫缺陷有两种机制：即体液免疫机制和细胞免疫机制。

①体液免疫机制：部分再障患者血清中存在抑制因子，它能抑制CM—CFU集落形成，而且最常见于原发性再障。实验发现，这种“再障血清抑制因子”在体外能抑制造血，并具有抗体的某些特征，这说明某些再障的体液免疫状态。