(1)慢性中性粒细胞白血病(chronic neutrophilic leukemia CNL)：患者Ph染色体阴性，BCR-ABL融合基因阴性。ANL的临床表现和血液学改变也不同于典型的CML，患者通常脾仅轻度肿大;外周血白细胞升高幅度在(30～50)×109/L，绝大多数为成熟的中性分叶核细胞，嗜碱细胞通常不增多，ALP染色积分升高;骨髓也以成熟的中性粒细胞为主，病程进展和CGL大致相同。2001年WH0髓系肿瘤新分类方案已将CNL归入骨髓增生性疾病，而不再归属于CML。
(2)慢性粒单核细胞白血病(CMML)：患者Ph染色体阴性、BCR-ABL融合基因阴性。其临床及血液学改变也不同于典型的CML，患者脾通常不肿大，或仅轻度肿大;外周血白细胞升高幅度较低，甚少＞100×109/L。幼稚中性粒细胞>5%，而成熟单核细胞明显增多，绝对数>1×109/L;骨髓中粒系增生明显，成熟单核细胞也轻度增多，幼红细胞比例常>15%，但各系基本无病态造血，或甚轻;病程进展快于CGL，治疗效果较差。2001年WHO髓系肿瘤分类方案已将CMML归入骨髓增生异常/骨髓增生性疾病(MD/MPD)。
(3)幼年性CML(juvenlile CML，jCML)：发生于青少年的DML，大多数在临床表现、血液学改变及细胞遗传学和典型的CML一样，仅是同一种疾病发生于年轻人。但另一种青少年CML，是一种不同于典型CML的疾病：①其Ph染色体阴性，BCR-ABL融合基因也阴性，也无其他染色体异常。②临床常有皮肤损害，病情进展迅速，雷同于急性髓性白血病(AML)。③骨髓中粒和单核细胞系同时增生，原始细胞>20%，有人建议称为青少年粒单核细胞白血病(juvenile mohocytic leukemia)。④血白细胞升高幅度低于典型的CML，不成熟粒细胞的比例较高，但嗜碱细胞正常或仅稍增多，而单核细胞>1×109/L。⑤具特征性的是血红蛋白电泳显示，50%的患者HbF升高，而HbA2减少，以及红细胞碳酸酐酶含量降低。⑥血小板常减少，骨髓巨核细胞也减少。具有上述特点的CML，称为jCML。其和单体γ综合征十分相似，但染色体检查可鉴别之。上述WHO新分类方案中，已将jCML归入MD/MPD。
(4)不典型CML(Atypical CML，aCML)：aCML和典型的CML，在临床和实验室检查中均有相类似的异常，但程度轻，故称为aCML(包括脾肿大、血白细胞升高幅度，未成熟中性粒细胞比例及嗜碱细胞数)。此外，aCML常有贫血、外周血单核细胞轻度增多、1/3患者ALP积分升高、骨髓红系细胞相对较多，且伴多系细胞病态造血、随病程进展常以骨髓衰竭告终，而急性变少见。aCML和典型的CML最主要的区别在于其Ph染色体及BCR-ABL融合基因均阴性，而常有其他染色体异常，如三体预后明显差于CGL，中数生存期仅1～1.5年。上述WHO新分类方案中，也已将aCML归入MD/MPD。