西医认为骨髓增生异常综合征有原发与继发，原发性骨髓增生异常综合征原因不明。继发性骨髓增生异常综合征多见于接触化学致癌物，烷化剂治疗、放射线等，也可见于某些恶性肿瘤，特殊感染等。
　中医认为骨髓增生异常综合征MDS病因有内因、外因、不内外因。内因多由先天禀赋不足，后天失养，或劳倦内伤，正气亏虚，肝气郁结；外因为六淫之邪；不内外因为接触异常射线和药物，化学毒素。外因、不内外因通过内因起作用。正气虚弱，气血不足致外邪侵袭有可乘之机。