骨髓细胞学检查主要用于造血系统疾病的诊断，对各型白血病、多发性骨髓瘤、恶性组织细胞病、骨髓转移瘤、骨髓坏死、骨髓增生异常综合征、巨幼细胞贫血、铁粒幼细胞贫血、尼曼匹克(Nieman  Pick)病、恶性淋巴瘤骨髓迁徙及某些寄生虫如黑热病、疟疾等，以及增生性贫血、粒细胞缺乏症、类白血病反应、传染性单核细胞增多症等均有有辅助诊断意义。
    临床上，凡用周身其他系统疾病不能解释的下列临床表现均可进行骨髓穿刺检查。如：贫血、出血、感染症状(伴有淋巴结、肝、脾肿大)、胸骨局限性压痛(伴有血常规检查中红细胞、白细胞和血小板中的三系或其中一至二系的数量明显改变)等；出现上述异常体征和血象改变而高度疑似各种白血病、恶性组织细胞病和类白血病反应(白细胞减少和粒细胞缺乏症)；特发性血小板减少性紫癜、过敏性紫癜；巨幼细胞贫血、再生障碍性贫血、溶血性贫血以及其他原因未明的各类贫血；多发性骨髓瘤、骨髓增生异常综合征；原因不明的长期高热等。
    骨髓穿刺的部位，一般选择髂前上棘和髂后上棘进行穿刺，这些部位穿刺不满意或有特殊需要时可作胸骨穿刺，其他部位如脊突也可选用。两岁以内小儿选在胫骨上1/3段前方(偏内侧)中央处穿刺。穿刺部位不同，取材可能有明显差异。如再生障碍性贫血必要时应多部位取材，因为其细胞增生程度以胸骨最好，棘突次之，髂骨最差。胸骨穿刺有时不够安全，患者容易恐惧，而髂后上棘皮质较薄，骨髓量多，穿刺容易且较安全，故多采用。
    临床中，有些病人误认为骨穿抽取骨髓会损害人体精髓、伤及元气而不愿意作骨穿，从而放弃了早期及时诊断的机会，延误了应有的治疗，从而给自身带来无可估量的损失。事实上，骨髓穿刺抽取的骨髓是极少量的，一般为0.2克左右，而人体正常骨髓总量平均为2600克，何况身体内每日还不断有大量的细胞再生。骨穿检查所抽取的骨髓液与人体骨髓总量相比是微不足道的，根本谈不上什么伤急元气，因此，骨髓穿刺检查对患者身体不会造成危害。
    因此，对于需要进行造血系统疾病诊断的患者，医生应耐心地进行说服指导，消除他们对骨髓穿刺的偏见和恐惧，以利于疾病的早期诊断和治疗。