(1)IgH和TCR
1)免疫球蛋白重链(1gH)重排是B细胞源性白血病的重要特征。在B细胞分化过程中，IgH基因结构中V、D、J和C片段发生随机重排，重排区域有充分的保守序列，利用重排区域两侧共有的保守序列为引物进行PCR扩增，可以检测到B淋巴细胞白血病中的MRD。·
2)T细胞受体(TCR)基因重排是T细胞源性白血病的重要特征。在T淋巴细胞成熟过程中，TCR也有类似的重排。
3)IgH基因重排仅出现在B淋巴细胞白血病，双标记白血病和末分化型白血病，所有T淋巴细胞白血病都未发现IgH重排，30％左右的B淋巴细胞白血病同时有某种TCR重排，所以如果同时扩增TCR和IgH基因，96％的淋巴细胞白血病可获阳性结果。
(2)AMLl-ETO
为t（8：21）（q22; q22）易位产生的一种新的融合基因，这种融合基因在M2中发生率为20％－40％，在M2b中的发生率高达90％，利用这种基因可检测M2中的MRD。
(3) PMI／RAR－a
t(15；17)易位产生PMI／RAR－a 融合基因，是M3的特征。PML上常有三个断裂点，断裂点越靠近Exon6域预后越好。
(4)WTl MRNA
WTl基因是Wiams肿瘤的基因，已被分离，在核内起转录因子的作用，是代表性的抑癌基因之易。WTl是早期复发的标记，WTl高表达预后差。